本发明公开了一种基于阳离子交换树脂纯化乌司他丁的方法，具体步骤如下：S1：称取1L的新鲜尿液放到烧杯中，往烧杯中加入12‑18g甲质素搅拌80min后，用pH计测试搅拌后尿液的酸碱度，使得搅拌后尿液的酸碱度控制在pH 6.2‑7.3之间，接着用超滤膜对酸碱度在pH 6.2‑7.3之间的尿液进行过滤截流，得到预处理尿液。S2：把S1中制备的尿液从离子交换柱的上端依次加入，控制离子交换柱的交换流速在0.001‑0.005m/s范围内，在离子交换柱的下端用烧杯接着交换后的乌司他丁，备用。S3：把S2中制备的乌司他丁，放置在真空干燥炉中以60℃干燥6‑9h，最后，放入冷冻机进行冷冻1‑2h，得到纯的乌司他丁样品。本发明纯化方法操作简单方便，化后的乌司他丁纯度高达99.75％以上，比活力至少为4880U/mg蛋白，收率达到78.5％以上。